按照超市生鮮經營商品分類狀況，生鮮商品成本核算面臨的問題各不相同，大致可以分為三種情況：
1、自制生產加工產品
超市生鮮區自制生產加工的產品包括熟食制品、半成品配菜、面點和大眾主食廚房類產品，還有肉禽類產品和少量水產品，按照加工方式不同主要包括兩大類：
組合加工類生鮮商品：主要指熟食制品、半成品配菜、面點和大眾主食廚房類產品等，由于需要使用各種相關原料經過加工生產流程轉化為某一固定產品，成本也隨產品經過“由多到一”的組合過程，所以稱為組合加工類生鮮商品。因每個單品的原材料配方、加工方法和產品生命周期不同，與同類競爭產品的價格可比性不大，很容易形成差異化經營優勢并取得較高的銷售毛利，因此它是生鮮經營重點發展的經營項目之一。
分拆加工類生鮮商品：主要指肉禽類和水產品等，相對完整的屠體進場后要經過分割成為特定的銷售單品定價銷售，成本隨產品經過“由一到多”的分解過程，因此稱為分拆加工類生鮮商品。由于是顧客購買頻率最高的基本生鮮品類，價格敏感度比較高，在生鮮商品結構上也比較容易出現同構化傾向，但它卻是超市生鮮區必須經營而且必須經營好的重要項目。
2、蔬果類農產品
由于生鮮區中部分水果蔬菜品種隨行就市，價格波動和變化較大，顧客對價格的敏感程度較高，需要經常做出價格反應，反應越及時迅速，因調價速度而產生的核算難度和工作量就越大；另外因保質期短，損耗極易發生且頻繁出現，損耗隨時記錄有難度，所以果蔬商品管理水平對成本核算也有一定影響。
3、供應商商品
供應商商品主要包括供應商制作的面包、點心和日配商品，由于可以作為標準化產品進行正常的采購談判，其成本核算與控制相對容易把握。
目前生鮮經營的平均毛利相對較高，其中又以自制生產加工產品的毛利最高，而成本核算的難點也恰恰在這些品類上，現就組合加工類和分拆加工類生鮮商品成本核算的主要問題介紹如下：
組合加工類生鮮商品是以自制面包和主食廚房產品；熟食和半成品配菜等加工部門為主，在成本“由多到一”的轉化組合過程中，加工生產過程的標準化程度對成本核算的準確性有著至關重要的作用，自制面包、主食廚房產品和半成品配菜由于配方和加工生產的標準化程度較高，只要標準配方制定出來，制作過程管理到位，其成本核算可以相對穩定，并能夠將損耗和誤差控制在可接受的范圍之內。而熟食中的中式熟食和快餐等品種，由于從配方到生產制作過程的標準化程度不高，受制作人員操作的影響比較大，下料和配方誤差導致成本核算的浮動性較大，因此始終是個管理難題。
加工制作標準化問題并不是超市生鮮區所獨有，實際上在國內快餐和餐飲行業中已經為此爭論了多年，西式麥當勞連鎖快餐店標準化運作和中式餐飲非標準的個性化風格體現之間的爭論，實際上反映了各自飲食文化上的差異。但對于強調管理規范和標準化的連鎖超市經營來講，生鮮加工的標準化是規模化連鎖經營和提高管理水平的基本前提。
分拆加工類生鮮商品多集中于肉類部和水產部，在成本核算上主要問題一方面受到來自生鮮供應鏈上游非標準化商品原料的影響比較大，例如豬源在品種和等級上能否保持穩定性；另一方面是操作人員在分拆加工時作業標準化程度；最后是準確的、與市場價格相適應的“由一到多”的成本分配模型，只有這三個方面都能得到有效控制，分拆加工類生鮮商品成本核算的誤差才能變得可以把握。
