日本的電子商務起步較晚，但發展勢頭迅猛。日本經濟產業省發布的調查統計結果顯示，2013年，日本企業對個人的電子商務交易總額達到了11.2萬億日元（約合1100億美元），比上年增長17.4%。隨著電子商務的快速發展，日本政府有關部門加大了對電子商務的監管力度。
盡管日本電商平臺眾多，數以萬計，但比較分散，還沒有一家電商的市場份額超過30%的。目前，在日本的電子交易平臺中，樂天、亞馬遜和雅虎名列前三，但三者差距較大。在2013年，樂天約占27%的市場份額、亞馬遜約占12%，而雅虎只有6%左右。為此，雅虎一改以往的經營方式，決定加強對網店的扶植力度，提高市場交易份額，并從去年10月7日開始取消網店加入交易平臺的加盟費。采取了這些優惠措施后，雅虎在不到一個月的時間內就增加了2.6萬件加盟申請，取得了良好的效果。
目前，日本的樂天和雅虎等電子交易運營商已經同中國的第三方支付平臺支付寶簽署了合作協議，中日兩國的網絡購物買家均可以通過支付寶來支付在對方國家進行網絡購物的費用。
日本政府先后制定了一系列有關規范電子商務的法律法規，加大對電子商務交易的監管力度。主要有：《日本電商與信息交易準則》、《電子消費者合同法》、《關于消費者在電子商務中發生糾紛的解決框架》、《特定交易商相關法律》、《完善跨國電商交易環境》、《關于跨國電商交易糾紛的解決框架》以及《電子消費者協議以及電子承諾通知相關民法特例法律》等。
《日本電商與信息交易準則》規定，網絡交易平臺的經營者必須將網絡交易記錄至少保存一年，供相關部門查詢，以確保商家在網絡上銷售的物品不是盜竊品或者是他人的遺失物品，杜絕不法分子利用電子交易平臺進行銷贓。如果調查取證需要，日本警方還可以查詢電子商務交易平臺的各項交易記錄。在電子商品交易中遇到欺詐使買方或者賣方的利益遭到較大損害時，受害者可以向當地警方報案，由警方介入調查處理。
電商交易過程中，如果發生不良或不法行為，主要采取三種處罰方式：首先是電子交易平臺運營商對商戶進行處罰，處罰形式有警告、取消商戶交易資格等；其次是政府有關部門對電子交易平臺運營商進行處罰，主要有警告、面談和罰款，直至關閉其交易平臺；第三，涉嫌欺瞞、詐騙等刑事犯罪行為的，由警方介入調查，并根據調查結果決定是否起訴和采取刑事處罰措施等。
日本還建立了電商準入制度，并實施嚴格的準入標準和身份確認制度。欲進入電子交易平臺的商戶，首先必須進行工商登記手續，憑登記憑證方可申請網上商品交易業務。其次，申請網上交易的商戶必須在完成身份確認后，方可開展交易活動。此外，從事電子商務交易的商家還需接受第三方認證。日本的信用調查機構將對參與電子商務交易的商戶進行信用調查，并根據調查結果對商戶的經營活動進行信用等級評估。
不僅如此，電子交易平臺運營商還有委托從事配送的物流公司確認買家的真實身份的義務，以保護商戶的利益不受損害。
日本對傳統的有形商品交易活動監管有一整套比較完整的法律法規，有不少條款也應用到電子商交易之中。由于日本商業信用整體情況較高，商家具有較好的誠信和自律精神，電商與消費者的交易糾紛也比較少，在電子商務的交易中基本上呈現出一種良性循環。因此，日本政府對電子交易市場的干預比較少，只有在發生比較重大的事件時，政府有關部門才會介入和干預。
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